Die Gemeinde Moosthenning in ihrem heutigen räumlichen Umfang umfasst das Gebiet der ehemaligen Gemeinde Dornwang, Lengthal, Moosthenning, Ottering, Rimbach und Thürnthenning.
Im Rahmen der Gemeindegebietsreform erfolgte zunächst mit Wirkung zum 01.04.1971 die Eingliederung der Gemeinde Thürnthenning in die Gemeinde Moosthenning. Zum 01.01.1972 erfolgte die Zusammenlegung der Gemeinde Rimbach, Dornwang und Lengthal zur neuen Gemeinde Lengthal. Mit Wirkung zum 01.05.1978 wurde aus den Gemeinden Lengthal, Moosthenning und Ottering die neue Gemeinde Moosthenning in ihrem heutigen Umfang gebildet.
Moosthenning – Der Ort wurde erstmals in einer Urkunde des Klosters Seligenthal in Landshut vom Jahre 1275 erwähnt. Die Endsilbe "-ing" ist als typisch bajuwarische Namensgebung bekannt und lässt auf eine Gründung des Ortes im 6. Jhdt. schließen. Der Ort wurde schon früh zur Hofmark erhoben. Darum bestand schon im frühen Mittelalter, etwa auf dem Platz des ehemaligen Schulhauses, ein Schloß, das im Dreißigjährigen Krieg von den Schweden besetzt und bis auf einen mächtigen Turm an der Südostecke und einige kleine Wirtschaftsgebäude niedergebrannt wurde. 1850 wurden auch diese abgebrochen.
Thürnthenning – Schon vor dem Jahre 1000 bestand hier eine erste Ansiedelung. Weithin bekannt war im Mittelalter Thürnthenninger Wein. Bereits 1505 ist von einem Schloss die Rede. Das bedeutendste Geschlecht waren die Auer Freiherren von Winkl, eine Adelsfamilie zwischen 1625 und 1820. Franz Xaver Auer ließ 1732 zur Sühne des an dem Pfarrer von Ottering begangenen Mordes ein prächtiges Gotteshaus im Rokokostil mit reicher Innenausstattung errichten. Diese Kirche ist dem heiligen St. Johannes Nepomuk geweiht und zählt zu den schönsten Barockkirchen der Gegend.
Ottering – Der Ort ist uralter Pfarrsitz, der den kirchlichen Mittelpunkt einer weiten Umgebung bildete. 1861/62 wurde die jetzige Pfarrkirche St. Johannes Baptist und St. Johannes Evangelist im neugotischen Stil an Stelle eines viel älteren Baues unter Verwendung des alten gotischen Turmes errichtet. Nördlich von Ottering wurden 70 Keltengräber sowie Gegenstände aus der älteren Bronzezeit gefunden, die eine frühe Besiedelung dieses Raumes bestätigen. Der Ort Gattering dürfte wohl noch älter sein als Ottering. Ebenso wie Haiholz erscheint auch Königsau in einer Urkunde des 12. Jahrhunderts.
Rimbach – ist die älteste Siedlung der Gemeinde, was der aus dem Keltischen abgeleitete Ortsname belegt, der soviel bedeutet wie „Rand“ oder „Grenze“. Die Siedlung dürfte vor etwa 2000 Jahren entstanden sein. Die Flurnamen Weinacker, Weinberg, Hopfenacker und Hopfengarten weisen darauf hin, dass hier um 1100 Wein und Hopfen angebaut wurden. Die barocke Kirche St. Nickolaus zu Rimbach, im Jahre 915 erstmals erwähnt, soll der Sage nach ein jüdischer Tempel gewesen sein. An ihrer Stelle entstand 1895 die Expositurkirche. Auch Rimbach war um 1700 Adelssitz, wie aus Inschriften geschlossen werden kann. Es bestand in noch früherer Zeit ein "Kloster Weinlehen zu Rympach", das 1648 von den Schweden niedergebrannt wurde. Die 1691 erbaute hölzerne Kapelle auf dem Dreifaltigkeitsberg wurde 1720 durch die noch bestehende Kirche ersetzt. Rimbach ist vor ca. 200 Jahren fast völlig abgebrannt und wieder aufgebaut worden.
Dornwang – entstand in der Rodungszeit des hohen Mittelalters. Der Ort wurde 1264 erstmals urkundlich erwähnt. Nach Quellen aus diesem Jahrhundert bestand hier eine Grundherrschaft des Hochstifts Regensburg. Der Hausnahme "Ammerbauer" benennt den einstigen "Ambthof" als Mittelpunkt der damaligen Rechts- und Verwaltungorganisation. Eine große Brandkatastrophe legte 1870 das ganze Dorf in Schutt und Asche. Als historische Sehenswürdigkeit gelten die am Sturmhof stehenden kunstvollen Heiligenfiguren St. Florian und St. Mauritius aus dem 17. Jahrhundert, die dem Barockaltar der Stadtpfarrkirche zu Dingolfing entstammen.
Lengthal – Das 1831 erbaute Schulhaus musste 1934 dem Kirchenneubau Platz machen. Die den Ort prägende Kirche des St. Ägidius geht vermutlich noch auf die Romantik zurück. Die Ortschaft Forst wird bereits 1185 bestanden haben, da unter diesem Datum in einer Hausstiftung des Klosters Reitenhaslach ein Heinrich von Forst als Zeuge genannt wird. Bis 1848 bestand in Forst ein Patrimonialgericht. Gutsherr war Julius Heinrich von Niethammer. Dietenau wird 1145 erwähnt, als das Kloster Aldersbach mit Bischof Heinrich von Regensburg ein Gut "Titenawe" gegen ein anderes Gut tauschte.