Moosthenning liegt in der Region Landshut in etwa 100 km Entfernung nordöstlich von München, unweit der Kreisstadt Dingolfing, im landschaftlich reizvollen Isartal. Es existieren folgende Gemarkungen: Dornwang, Lengthal, Moosthenning, Ottering, Rimbach, Thürnthenning. Wichtige Lebensräume für seltene Tier- und Pflanzenarten bilden das Königsauer Moos und die südexponierten Hänge zum Isartal.